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Die sechste Staffel bietet neben den typischen Einzelabenteuern ein Wiedersehen mit zwei alten Bekannten: Von der ersten Enterprise kommt Scotty für eine Folge an Bord, und auch Q lässt sich wieder einmal blicken und stiftet wie gewöhnlich Unfrieden. Datas Lieblings-Holodeck-Szenario "Sherlock Holmes" wird noch einmal aufgenommen, und wieder will Dr. Moriarty das Holodeck verlassen. Die Raumstation Deep Space Nine ist in einer Doppelfolge Ausgangsort einer spannenden Suche nach Worfs Vater. Höhepunkt und gleichzeitig Ende ist aber ein erneuter Angriff der Borg, bei dem sich Data in die Höhle des Löwen wagt.